En sus salas se exhibe de modo permanente la colección histórica de calcos -reproducciones en yeso de originales- de obras maestras escultóricas expuestas en museos como el Louvre de París, el Británico de Londres, el Nacional de Antropología de México o la Academia de Florencia. Abarca más de 4000 años de historia proponiendo recorridos a través del Arte Egipcio Antiguo, Mesopotámico Asiático, Hindú, Griego, Romano, Románico, Gótico, Renacentista, Manierista, Mesoamericano y Andino.

Se realizan, además, exposiciones temporarias, destacándose los ciclos de Muestras Homenaje a artistas de reconocida trayectoria y a profesores de la ex Escuela Superior de Bellas Artes “Ernesto de la Cárcova” y de la UNA, y el de Diálogo con el Patrimonio, en el que el Museo invita a artistas contemporáneos a realizar obras específicas en interacción con el patrimonio del Museo, proponiendo una relectura y revalorización del mismo. En 2018 se inicia una nueva línea de exhibición y producción con instituciones, artistas y gestores nacionales e internacionales. De este modo se propone como un espacio de referencia dentro del circuito expositivo de la Ciudad de Buenos Aires.

Es escenario de experimentación y divulgación de las diversas producciones artísticas y de investigación generadas por estudiantes, docentes y graduados de los distintos departamentos y áreas transdepartamentales de la UNA, como presentación de proyectos de graduación, conciertos, exposiciones, espectáculos de danza, teatro, audiovisuales y multimedia, entre otros.

El Museo universitario es sede, además, de congresos, conferencias, workshops y jornadas de intercambio que lo articulan con el resto de la sociedad.